Transferencia da sede da diocese de Miranda para Bragança

Em 22 de Agosto de 1556, o Cabido acordou requerer ao Rei a transladação da Sé para Bragança, "por causas mui notórias".
No Governo do Bispo Dom Frei Francisco Pereira, natural de Vila Franca, morrendo este a 9 de Janeiro de 1621 em Miranda, pensou-se muito a sério na transferência para Bragança "por várias razões".
Posteriormente, o Bispo Frei João da Cruz, disse através de um depoimento ao Papa Bento XIV, a 16 de Outubro de 1754, o seguinte: "Miranda é pequena; só nominalmente se pode chamar cidade. Parece mais um "praesidium" para militares do que para clérigos".
A catedral estava no extremo da diocese, dificultando muito a vida diocesana. A aridez da cidade, o desastre causado em 8 de Maio pelo exército espanhol, reduzindo a ruínas o castelo, matando centenas de pessoas, tudo isto deu oportunidade à transferência da Sé para Bragança.
Dom Frei Aleixo, de carácter rígido e cioso da sua honra, publicou a 19 de Dezembro, uma provisão que diz: "Porquanto sua Majestade, atendendo ao bem comum de seus vassalos e nossos diocesanos, dispõe que nos mudemos com os nossos reverendos cónegos, e estabeleçamos a Sé do Bispado em Bragança".
Dom Aleixo, a 28 de Agosto de 1967, publicou uma provisão ordenando a mudança da paróquia de São João Baptista para a nova paróquia da Sé de Bragança.
Apesar de alguns capitulares discordarem de tal mudança, pois Bragança não possuía um templo que satisfizesse as exigências duma catedral, Dom Aleixo ordena mais uma vez a transferência. O terreno da construção seria junto do antigo seminário, cerca do liceu, (ex-Escola Augusto Moreno) no entanto os Mirandeses tentaram impedir a sua construção.
Em 17 de Fevereiro de 1764, El-Rei autorizou, por conta régia, a mudança da Sé para Bragança, e o Papa em 1776 confirma tal mudança.
A confirmá-lo transcrevem-se os seguintes documentos:
Carta do Bispo D. Aleixo de Miranda Henriques, ao Senado de Bragança.

Mudança da Sé para esta cidade.

1764

Sendo Deus servido dar remédio ao detrimento que este bispado soffreu desde a sua fundação por se haver estabelecido a sua Egreja Cathedral no ultimo logar delle dispoz el rei Nosso Senhor por carta firmada se seureal punho em 17 de Novembro que fosse trasladada a sobredita Egreja para esta nobre cidade que havia dado o titulo ao seu real ducado.

E porque devemos render ao mesmo Deus as devidas graças por um benefício tão grande e havemos elegido a Egreja de Santa Maria para esta justa funcção o participamos assim a vossas mercês para o fim de ser com a sua assistência mais solemne o dia de hoje quarta feira pelas duas para as tres horas da tarde.

Fr Aleixo, bispo de Bragança

Autorização da mudança concedida por El-Rei:

Reverendo Bispo de Miranda

Amigo

Eu el-rei vos envio muito saudar. Sendo-me presente a vossa representação e os inconvenientes que ha para se conservar a Egreja Cathedral do vosso bispado na cidade de Miranda , pedindo-me faculdade para se estabelecer na de Bragança por ser mais populosa, abundante e bem provida e estar no centro do mesmo bispado; e atendendo a que a referida cidade de Miranda se acha na mais remota povoação dele e em situação aspera e fragosa e ser o seu terreno pouco fructifero e a outros motivos que me foram presentes: hei por bem conceder-vos licença para que vos mudeis com os vossos cónegos para a dita cidade de Bragança e estabeleçaes nella a Egreja Cathedral de vosso bispado, pela maior utilidade que resulta desta mudança a toda essa diocese e para que sem tanto incommodo possaes cumprir com as obrigações de vosso pastoral officio, vigando sobre o bem espiritual de um tão numeroso rebanho.

Palácio da Nossa Senhora da Ajuda, 17 de Novembro de 1764

Rei D. João I